Sciences : Les chercheurs de l’Institut Pasteur formés à l’analyse bio-informatique du génome de Plasmodium falciparum

Fidèle à sa référence d’être un centre d’excellence en matière de recherche en santé humaine, animale et environnementale, l’IPCI a su convaincre l’académie Next Generation Sequencing ( NGS) d’ Africa Central Disease Control (CDC) de mobiliser ses spécialistes en la matière pour donner le premier cours du genre à l’IPCI à travers des cours théoriques et pratiques.

Durant ces cinq jours, les participants auront un enseignement sur l’introduction à l’épidémiologie du paludisme, sur l’utilisation des offres de formation en ligne qui existe sur la génomique des populations de plasmodium falciparum disponible au niveau des sites web de l’Academie NGS du Pathogen Genomic Initiative (PGI), les différentes approches en matière de recherche sur les questions d’épidémiologies du paludisme , à l’introduction à la programmation sous Linux, à l’apprentissage du langage BASH, à l’introduction à la bioinformatique / NGS, à biostatistique à l’aide de R et à la Biosûreté/ biosécurité.

L’ouverture de la formation s’est effectuée ce lundi 28 novembre 2022, en présence de la Directrice de l’Institut pasteur, Professeur. Mireille DOSSO accompagné de ses plus proches collaborateurs et soutenu par le doyen de l’UFR Biosciences de l’Université Félix Houphouët-Boigny, Professeur ESSETCHI Paul.

Elle a souhaité la bienvenue à cette délégation africaine composée de Camerounais, de Ghanéen, Sénégalais et Sud-Africain, venue dispenser le cours. La directrice a précisé que c’est la première série de formations dispensées par l’Academie NGS du PGI sur la bioinformatique et en affirmant que c’est le début d’une longue collaboration.

Cette première journée de cours a été présidée par le Professeur DJAMAN A. Joseph, Chef du Département Biochimie Médicale et Fondamentale à l’Institut Pasteur lui a situé les enjeux de ce cours pour l’avenir de l’institut.

« Les biologistes génèrent une quantité croissante de nouvelles données portant sur les génomes, les biomolécules, les organismes, leurs interactions et leur évolution. Il y a un besoin croissant d’approches informatiques pour la manipulation, le stockage, la visualisation et l’analyse de ces données souvent très complexes » a-t-il souligné et d’ajouter : « il y a donc place à la matière de former des compétences nouvelles dans le domaine de la bioinformatique appliquée, la bioinformatique médicale, le génie bioinformatique et la bioinformatique théorique ».

Le coordonnateur de l’organisation de la formation , Dr Tony LI, coordonnateur de H3ABioNet, organisateur principal accompagnant le Professeur Alfred Amangua NGWA, un des spécialiste mondiaux de génomique des populations de P. falciparum base au Malaria Research Council (MRC), a Fajara (Gambie) ; Dr Archibald KWAME, administrateur de serveur et bioinformaticien au MRC Gambie ; Dr Lucas AMENGHA, spécialiste de génétique des populations de P. falciparum et M. Mouhamadou DIOP, bioinformaticien au MRC Gambie
Le coordinateur a tenu à remercier les autorités ivoiriennes et particulièrement les dirigeants de l’Institut Pasteur et a souhaité travailler en étroite collaboration avec l’Institut pasteur de Côte d’Ivoire pour pouvoir développer plusieurs modules de la génomique, pouvoir former, soutenir et faire le renforcement de capacités des chercheurs.

 

Pour le formateur, Prof Alfred Amangua NGWA, cette première formation se fonde sur un cours basique pour comprendre les structures des données, les différents outils utilisés pour analyser les données, formuler des questions et générer des intérêts, afin de donner aux participants les différentes méthodes utiles pour analyser les données génomiques.

« L’existence de nouvelles technologies d’analyse de données doit passer par l’utilisation des schémas informatiques spéciaux pour arriver à des solutions, à des résultats de plusieurs questions scientifiques qui sont importants pour nos recherches. » a-t-il précisé.
Il va s’ensuivre une seconde formation web labo qui consiste à un travail de laboratoire avec d’autres partenaires en Afrique de l’Est et une troisième formation encore plus profonde et un peu plus complexe.

Quant à Dr Archibald KWAME et M. Mouhamadou DIOP, ils ont dispensé les cours pratiques sur l’utilisation du système linux dans le traitement de données et ont montré l’importance de l’utilisation de GIT et GIT HUB, deux outils de sauvegarde des documents et pouvant être utilisé dans le travail collaboratif.

« Je remercie l’Institut Pasteur pour avoir initié cette formation. Elle nous apporte les rudiments, les outils nécessaires aux traitements de nos données de terrain. Le logiciel R et le système Linux après cette formation, ces logiciels n’auront plus de secret pour nous dans leur utilisation pour l’exploitation des données de terrains. Je ferai bénéficier à mes collègues enseignants et mes étudiants les retombées de cette formation », a déclaré Dr GBOTTO Ahou Anique, enseignant-chercheur au département génétique de l’université Jean Lorougnon Guede de Daloa.

KOUADJANE Gnagoran Agnès Émilie, Doctorante à l’Institut National Polytechnique Houphouët-Boigny et stagiaire à l’unité de pôle de biologie de l’immunité de l’Institut pasteur a souligné que cette formation de bio-informatique est un atout pour son travail de recherche qui porte sur la conception d’un test de diagnostic et évaluation de certaines substances naturelles à action locale pour réduire la prolifération des acariens. Elle s’est dite heureuse de participer à cette formation.

Notons que l’objectif visé par l’IPCI est de devenir un centre d’excellence en bioinformatique et de biocomputationel.
Depuis seize ans, l’IPCI héberge vingt centres nationaux de référence donc celui de surveillance de la chimiorésistance de Plasmoduim falciparum.

M.K avec SERCOM